Es poco lo que se conoce sobre el origen del pueblo, aunque se le considera de procedencia prehispánica, dado que los indígenas del lugar tenían posesión de los títulos de fundación. Es un pueblo fundado mediante merced concedida por el Virrey don Luis de Velasco, el 15 de septiembre de 1562.
En 1831, la Ley Territorial, otorgó el rango de municipio a Ecuandureo, formando parte del partido de la Piedad, junto con Yurécuaro y Tanhuato.